ההומאופתיה הנה שיטת ריפוי יעילה וטבעית, המסייעת לגוף בתהליך הריפוי העצמי.

ההומאופתיה מבינה כי סימפטומים אינם אלא ביטוי של דיסהרמוניה פנימית, וכי האדם הוא הזקוק לריפוי - ולא מחלתו.

מחלות, על פי ההומאופתיה, בין אם חריפות או ממושכות, פיזיות או רגשיות - הן תגובה ודרך התמודדות של האורגניזם עם איומים רגשיים, מנטליים ופיזיים. שלא כמו תרופות כימיות, ההכנה ההומאופתית אינה משתיקה את סימני האזהרה שמשדר האורגניזם באמצעות הסימנים והסימפטומים שאנו חווים, אלא יורדת לשורש הבעיה, מעוררת את כוחות המרפא הטמונים בנו, ומסייעת לנו להתמודד בהצלחה עם האיומים, הקשיים וההשפעות החולניות. .

כך, האורגניזם מפסיק בהדרגה ליצר את הסימפטומים וסימני המחלה וביכולתנו לשוב אל אותו מרכז פנימי, להשיג דרגה גבוהה יותר של חופש בחיינו, או במלים אחרות - רמת הבריאות עולה.

בדומה להיפוקרטס, הבין דר' סמואל האנמן (Hahenmann) שפיתח את ההומאופתיה לפני למעלה ממאתיים שנה, כי ישנן שתי שיטות לטיפול במחלות: של הנוגד ושל הדומה. העיקרון המנחה בהומאופתיה (יוונית, הומו-"דומה", פאתוס-"סבל, מחלה" ) הוא דומה בדומה ירפא. במלים אחרות, ההומאופתיה מתבססת על הגילוי, כי חומר מסוגל לרפא תופעות דומות לאלה שהוא מעורר - אם נלקח במינון מזערי.

קחו, לדוגמא, מצב של נדודי שינה. הטיפול ב"נוגד" (בו דוגלת הרפואה המכונה "קונוונציונלית"), הנו לתת תרופה שתשרה שינה מלאכותית. לשם כך יש צורך בכמויות גדלות והולכות של תרופות, שלעתים יוצרות תופעות-לוואי ואף תלות פיזית. לעומת זאת, בהומאופתיה (כלומר, בשיטת הדומה) ניתנת למטופל מנה מזערית של חומר - לדוגמא קפה - שבמינון גדול גורם לאדם בריא דווקא נדודי שינה. העקרון ההומאופתי קובע, שנטילת ההכנה הזו מסייעת למטופל לישון באופן טבעי..

כיום, אין בנמצא מודל מדעי המסביר באופן חד-משמעי את מנגנון הפעולה של ההכנות ההומאופתיות. יחד עם זאת, ניתן להיעזר בדימוי, לפיו ההכנה ההומאופתית היא בגדר אינפורמציה, המעמידה בפני האורגניזם תמונת-ראי של מחלתו-שלו, ומעודדת את מנגנון הריפוי הטבוע בו לשוב ולהתמודד עם הבעיה באופן נכון יותר, ומתוך כך להשתחרר ממנה לצמיתות..

בדימוי האינפורמציה שלעיל מובלע עקרון יסודי שני בהומאופתיה, הוא רעיון הפוטנץ. המשמעות המעשית של מושג זה (שמילולית ניתן לפרש כ"כוח, עוצמה, חיוניות או דינמיות") היא סדרת דילולים וניעורים של החומר לשם הפקת ההכנה ההומאופתית. לרוב, ההכנה ההומאופתית אינה מכילה מולקולות של חומר, ובשנים האחרונות נקשר כוחה-זה בביטוי ציורי, "הזיכרון של המים".

עיקרון הפוטנטיזציה (קרי, מיהול וניעור החומר) עשוי להישמע מנוגד לאינטואיציה ה"רוקחית" שלנו. לכן, חשוב לציין שעיקרון זה צמח באופן אמפירי לחלוטין מתוך ניסיונו הקליני של האנמן, שזיהה ראשית-כל את עקרון הדומה וביקש, בהדרגה, למזער את תופעות-הלוואי הכרוכות במתן מנה גדולה של התרופה. האנמן זיהה יחס ישר בין הפחתה במינון החומר לאפקטיביות של התרופה, וחשיבתו היצירתית והעצמאית סייעה לו בפיתוח אלמנט זה.

לאור כל האמור לעיל, ניתן לזהות הקבלה גולמית-משהו בין ההומאופתיה לחיסונים וטיפולים באלרגיה - זו וגם אלה מבקשים לגרות את המערכת החיסונית לתגובה, באמצעות הצגת גורם שיוצר סימפטומים חולניים. ההומאופתיה, עם זאת, מתייחדת ביחסה ההוליסטי לתופעות (כלומר, שקלול כל המאפיינים האינדיבידואליים, ולא טיפול בתלונה בודדת), ובמינון המזערי של ההכנות

ראוי לדייק ולומר, שההומאופתיה הקלאסית היא זו המשקללת את כל מאפייניו של המטופל, בניגוד לאסכולות אחרות שצמחו מתוכה והתמקדו בטיפול סימפטומטי וחד-צדדי בבעיה. במרשם הקלאסי שואפת ההומאופתיה להעניק לפציינט טיפול "התפור לפי מידותיו" והמתייחס לכל תלונותיו - כמו גם לאורח חייו, להרגליו ולהעדפותיו. לשיטתנו, שני אנשים בעלי אבחנה רפואית זהה עשויים לקבל הכנות הומאופתיות שונות, בהתבסס על סך הסימפטומים שלהם, השונה בעיקרו.